El Museo tienen como objetivo facilitar y desarrollar las relaciones culturales a través del arte contemporáneo de los tres ámbitos geopolíticos que se cruzan en Extremadura: España, Portugal e Iberoamérica.En este sentido es único en el mundo.

Respecto a los edificios del MEIAC, son un ejemplo de rehabilitación de un inmueble, que en origen no tenía fines museísticos, con la particularidad de que en este caso no se trata de un templo o de un palacio, como es más habitual.  Son rasgos de identidad de este Museo su contemporaneidad, pues se dedica al arte actual, y su especialidad de extremeño, portugués e iberoamericano.

Ocupa el solar de la antigua prisión "preventiva y correccional" de la ciudad de Badajoz, construida en los años 50 sobre el baluarte militar del siglo XVII, conocido como Fortín de Pardaleras. A mediados de los 80 se demolió la vieja cárcel. El edificio actual es de nueva construcción y ha sido proyectado y edificado por el arquitecto José Antonio Galea.
Los edificios destinados a Museo son dos: el edificio central que se eleva a través de un panóptico evocador del antiguo carcelario y un segundo edificio destinado a servicios.  El edificio central se utiliza como espacio expositivo y comprende el semisótano (2.400 m2.) y cuatro plantas circulares (340 m2. cada una).

En el edificio anexo se localizan una sala de exposiciones, talleres, almacenes, biblioteca, centro de documentación, salón de actos, administración, cafetería, etc.  Un tercer ámbito del Museo es el espacio exterior constituido por jardines, estanques y arbolado. Se concibe como lugar de desahogo urbano, abierto a la ciudad, y como parte del Museo destinada a exposición de piezas y a otras manifestaciones artísticas o actividades museísticas.  El Museo inició su actividad en mayo de 1996.

Las colecciones del MEIAC se centran en el arte más actual, desde la década de los 80, abiertas a todos los lenguajes plásticos, y con exclusividad por el arte español, extremeño, portugués e iberoamericano. Sus colecciones abarcan la pintura, la escultura, la fotografía, cualquier tipo de instalaciones, producciones audiovisuales, etc.

Los fondos permanentes de arte extremeño ocupan las plantas circulares del panóptico del Museo, donde se exhiben obras de Timoteo Pérez Rubio, Godofredo Ortega Muñoz, Juan Barjola, Wolf Vostell, Gastón Orellana, Ángel Duarte, Luis Canelo, Mon Montoya, Juan José Narbón, el escultor Rufino Mesa, etc.

La colección española presenta obras claves de artistas como Miquel Navarro, Eva Loots, Susana Lozano, Juan Muñoz, Adolfo Schlosser, Fernando Sinaga, Pedro Irazu, Juan Navarro, Baldeweg, José María Sicilia, Juan Uslé, fotografías de Javier Vallhonrat, etc.

La colección portuguesa la integran artistas de reconocido prestigio internacional y otros protagonistas de la renovación estética y plástica en su país; entre ellos podemos citar a Julião Sarmiento, Leonel Mou- ra, Jorge Molder, Alberto Carneiro, Álvaro Lapa, José Pedro Croft, José de Guimarâes.

La colección iberoamericana de arte actual se constituye como la más importante de Europa, con representación de artistas de Argentina, México, Brasil, Cuba, Chile, Nicaragua, etc. Artistas que viven dentro y fuera de Iberoamérica, representantes de diferente técnicas (dibujo, pintura, fotografía, vídeo, diversas instalaciones) y entre los que podemos citar a: Guillermo Kuitca, Saint Clair Cemin, Mario Cravo Neto, Julio Le Parc, Manuel Ocampo, Fernando Maza, Antonio Seguí, Alfredo Jaar, Juan Dávila, José Gamarra, José Bedia o Ray Smith.

Finalmente, en los espacios externos del Museo se exponen también obras utilizándose como ámbito expositivo abierto y en conexión con la ciudad.