El continente o edificio es un ejemplo señero de arquitectura construida "ex profeso" como Museo y proyectado con una clara intencionalidad de aproximación al mundo romano.  Es el único Museo de categoría nacional dedicado enteramente al arte romano en España.  Sus fondos son riquísimos en calidad y cantidad, proceden de la Colonia Emerita Augusta y de su territorio y proporciona una visión muy completa de lo que fue la Hispania romana.

El actual Museo Nacional de Arte Romano, vino a sustituir al antiguo Museo Arqueológico de Mérida, creado por Real Orden el 26 de Marzo de 1838.  El 19 de Septiembre de 1986 se inauguraba la sede actual del Museo, obra de Rafael Moneo Vallés, exponente clave de la Romanización de Hispania, explicada a través de las piezas recuperadas del yacimiento emeritense.

Las excavaciones previas en el solar aportaron un contexto arqueológico (cripta) que quedó incorporado al museo. En 1980 el proyecto de Museo fue encargado a Rafael Moneo Vallés, que lo llevó a cabo entre 1981 y 1985.

La arquitectura del Museo supone un replanteamiento del pasado romano sin olvidar el presente, comprendiendo dos cuerpos de edificación separados por la calzada romana y conectados por una potente pasarela que vuela sobre los restos arqueológicos. En uno de los edificios se alberga el Museo y sus almacenes, y en el otro los talleres de restauración, biblioteca, salón de actos y dependencias administrativas.

El primero está compuesto por una especie de nave principal y una serie de crujías paralelas y a su vez perpendiculares al espacio basilical, con luz cenital y directa. Los arcos paralelos de la nave principal evocan el arco de Trajano; su traducción en la fachada sur (C/ Ramón Mélida) en contrafuertes recuerdan el acueducto de "Los Milagros". El acceso principal del Museo se inscribe en un arco rematado por un potente dintel de mármol blanco y un nicho. La puerta contiene bajorrelieves en bronce de Francisco López. Moneo diseñó desde los pedestales y vitrinas hasta la última silla del edificio y como él mismo dice: "...El Museo, sin caer en la imitación estricta de la arquitectura romana, debería ser capaz de sugerir al visitante el orden de las dimensiones que, sin duda, tuvo en su día la Mérida romana".

La Planta Baja comprende diez salas; las tres primeras se dedican a piezas extraídas de los edificios emeritenses dedicados a espectáculos públicos (teatro, anfiteatro y circo); en ellas pueden contemplarse obras de gran valor como Proserpina, Plutón, Ceres, efigies de emperadores, pinturas del anfiteatro, inscripciones de los edificios citados, retratos imperiales, etc.

En la planta primera, las salas IX, VIII y VII se dedican a la cerámica romana con un amplio muestrario de formas, decoraciones, estilos y técnicas. Piezas de diversas procedencias e influencias: griegas, italianas y autóctonas. Colecciones de cerámica común, de lujo (Terra sigillata) y lucernas.

En la planta segunda, la sala I presenta materiales que hacen referencia a la vida pública de la colonia y en la sala II se recogen vestigios procedentes del territorio que abarcó la colonia: mosaicos, ánforas y dolias, inscripciones funerarias, etc.La sala III se refiere a inmigrantes. La IV a diversas profesiones: epitafios de familias militares, equipo de instrumentos quirúrgicos, sellos de panadero, estela de una taberna, etc. El retrato romano, especialmente el privado, tiene amplia representación en las salas V, dedicada al retrato femenino, y la VI, al masculino.

La cripta del Museo surge como consecuencia de las necesarias excavaciones arqueológicas previas a su construcción. Los restos hallados se han integrado en el recorrido del Museo como una sala más y son un fiel reflejo del contexto arqueológico de la ciudad romana (conducción de agua, tramo de calzada, muros de viviendas, sepulcros, etc.). Un túnel de nueva construcción comunica el Museo con la zona del teatro y anfiteatro.